问题13：如何从经典通路分析中挑选有用信息？回复：首先要正确解读分析的经典通路结果，用户可从中挑选感兴趣的内容或与研究最相关的通路。接下来以人类肝细胞癌转录组测序（HCC_488）数据集经典通路分析结果为例，进行解读结果解读：
经典通路分析结果显示的内容是与整个数据集相关性显著的经典通路，代表显著性的数值P-value由Fisher's exact test right-tailed方法计算。显著性表示数据集中的分子与经典通路相关的可能性。详细内容如图13-1所示。
图13-1人类肝细胞癌转录组测序（HCC_488）数据集经典通路分析结果（条形柱呈现方式）
经典通路条形图（图13-1 左图）X轴表示经典通路名称，Y轴表示-log (p-value)；条形柱高低表示显著性大小；通路活性状态由不同颜色表示，根据z-score预测通路是激活还是抑制。此分析可快速鉴定数据集中基因差异性表达对通路活性的影响。橘色表示激活，蓝色表示抑制，灰色表示无法预测通路状态，白色表示z-score等于或非常接近0；橘色小方块表示基因数的比值，即数据集中涉及某经典通路的基因数/某经典通路涉及的总基因数。图中-标示内容解释如下。
：定制表参数设置，对应内容见图13-2。
图13-2定制表参数设置界面
：经典通路3种不同的显示方式。
显示条形图形式的经典通路，如图13-1左图所示。X轴表示经典通路名称，Y轴表示 -log (p-value)。显示方式可选择水平显示方式■ 。● 显示图示见图13-3红色向下箭头指向的蓝色框中内容。○ 显示的经典通路图示见图13-3。
也可选择垂直显示方式□ 以垂直方向显示经典通路的条形图如图13-3。
□ 显示与HCC_488数据集相关性显著的经典通路是“Mitotic Roles of Polo-Like Kinase”。将鼠标悬停在“Mitotic Roles of Polo-Like Kinase”条形柱上，即可显示数据集中与这个通路相关的基因数、-log (p-value)、z-score、基因数比值。如图13-1红色向上箭头指向的蓝色框中内容。单击“Mitotic Roles of Polo-Like Kinase”条形柱，在下方（图13-1）可显示所分析数据集中参与此通路基因的详细信息列表，其中“Expected”栏所显示的up表示此通路被激活，这些信息有助于预测基因的状态。比如，图13-1中所示，如果通路“Mitotic Roles of Polo-Like Kinase”被抑制，则可以预测基因CCNB1被上调。
图13-3人类肝细胞癌转录组测序（HCC_488）数据集经典通路分析结果（条形柱呈现方式）
图13-3显示HCC_488数据集中涉及每个经典通路的基因是上调（红色）、下调（绿色）还是无变化（灰色）。橘色点表示每个通路的-log (p-value)。将鼠标悬停在“Cell Cycle: G2/M DNA Damage Checkpoint Regulation”条形柱上即可显示该通路的详细信息，如图13-3中红色向下箭头指向的蓝色框内容。单击“Cell Cycle: G2/M DNA Damage Checkpoint Regulation”条形柱，即可将HCC_488数据集中涉及此通路的8个基因的详细信息显示在图下方的列表中。
问题14：IPA能够修改上传的数据数值吗？IPA能够计算Fold Change吗？回复：IPA不能修改上传数据的数值，只能选择用或忽略某些数值，或者通过设置阈值选择符合条件的数值用于分析。IPA不是统计学工具，数据上传至IPA之前，请自行做好生物学统计。
问题15：IPA查询次数受限？回复：IPA不限制查询次数，如果发生这种情况，很可能是您的账号因导出图片次数超过本月上限而被停用（因为IPA对导出图片次数有限制）。请您联系源资公司反馈情况，我们会协助解决问题。
为避免此类情况发生，请用户先将感兴趣的分子网络图或通路图存放在My Pathways中，或使用其他方式截图保存，待需要高清图时再导出，一定时间段内合理分配导出图片的数量。